拜醫學和科技進步所賜，治療尿路結石可以有多種變化和選擇。在各種治療方法中，以體外衝擊波碎石最為人熟悉。不過，因應大小和位置不同，不同個案的第一線治療方案可以截然不同。因應個別情況選擇最合適的治療方案，才是最佳選擇。
「體外衝擊波碎石」是最為人熟悉和常用的治療方法。有些人稱它為「激光碎石」，其實衝擊波是一種高能量的超聲波，跟激光沒有半點關係。這方法有點像武俠小說所形容的「隔山打牛」，因為衝擊波經聚焦後，會從體外透過人體直達以X光定位的碎石，而不會射穿身體。然後，只要病人多喝水，被擊碎了的碎石通常都可以自然地排出體外。術後可能出現血尿、腰間疼痛等現象，是因為碎石移動排出的關係，一般幾天後會逐漸改善。
這方法主要針對含鈣的結石，好處是不用開刀。如果結石位於腎臟或輸尿管上段，成功率達九成；如果位於輸尿管的中至下段，成功率則相對偏低。不過，如果病人凝血功能出問題、懷孕、腹腔主動脈長有動脈瘤、或結石定位出問題等，都不可以使用。還要留意它仍有一定的風險，術後也有機會出現腎臟血腫、感染等併發症。
上文提到「衝擊波碎石」跟激光沒半點關係，不過，激光確也可以用來擊碎碎石，即「輸尿管鏡激光碎石」。方法是利用輸尿管鏡經膀胱進入輸尿管，找到結石後，將激光纖維放入內視鏡內，然後用激光粉碎結石，還可以隨即用「結石籃」或「結石鉗」來清除較大的結石碎片。
輸尿管鏡是一種可以進入輸尿管的內視鏡，其管徑好比「原子筆芯」般幼細，以光纖造成，可以看到輸尿管的內部。這方法尤其適合處理已移動至遠端輸尿管、接近膀胱位置的結石，或是嘗試過體外碎石但不成功的個案，但後者可能需要運用更纖幼和屈曲度較高的軟管輸尿管鏡，甚至最新的電子軟管輸尿管鏡，以便深入輸尿管近端或腎臟裡面。電子軟管輸尿管鏡以電線代替光纖，遠端裝有解像度極高的電子鏡頭，影像更加清楚。
上述兩項技術都屬於微創治療，如果位於腎臟或輸尿管的結石十分細小，直徑少於三至四毫米，甚至可以考慮「藥物排石治療」。簡單來說，就是以藥物令輸尿管輕微擴張，然後多喝開水，好讓碎石可以自然被沖刷和排出。服藥後，必須小心監察。如果過了一段時間後，結石仍未排走，就應考慮其他的治療方案。
