拜医学和科技进步所赐，治疗尿路结石可以有多种变化和选择。在各种治疗方法中，以体外冲击波碎石最为人熟悉。不过，因应大小和位置不同，不同个案的第一线治疗方案可以截然不同。因应个别情况选择最合适的治疗方案，才是最佳选择。
“体外冲击波碎石”是最为人熟悉和常用的治疗方法。有些人称它为“激光碎石”，其实冲击波是一种高能量的超声波，跟激光没有半点关系。这方法有点像武侠小说所形容的“隔山打牛”，因为冲击波经聚焦后，会从体外透过人体直达以X光定位的碎石，而不会射穿身体。然后，只要病人多喝水，被击碎了的碎石通常都可以自然地排出体外。术后可能出现血尿、腰间疼痛等现象，是因为碎石移动排出的关系，一般几天后会逐渐改善。
这方法主要针对含钙的结石，好处是不用开刀。如果结石位于肾脏或输尿管上段，成功率达九成；如果位于输尿管的中至下段，成功率则相对偏低。不过，如果病人凝血功能出问题、怀孕、腹腔主动脉长有动脉瘤、或结石定位出问题等，都不可以使用。还要留意它仍有一定的风险，术后也有机会出现肾脏血肿、感染等并发症。
上文提到“冲击波碎石”跟激光没半点关系，不过，激光确也可以用来击碎碎石，即“输尿管镜激光碎石”。方法是利用输尿管镜经膀胱进入输尿管，找到结石后，将激光纤维放入内视镜内，然后用激光粉碎结石，还可以随即用“结石篮”或“结石钳”来清除较大的结石碎片。
输尿管镜是一种可以进入输尿管的内视镜，其管径好比“原子笔芯”般幼细，以光纤造成，可以看到输尿管的内部。这方法尤其适合处理已移动至远端输尿管、接近膀胱位置的结石，或是尝试过体外碎石但不成功的个案，但后者可能需要运用更纤幼和屈曲度较高的软管输尿管镜，甚至最新的电子软管输尿管镜，以便深入输尿管近端或肾脏里面。电子软管输尿管镜以电线代替光纤，远端装有解像度极高的电子镜头，影像更加清楚。
上述两项技术都属于微创治疗，如果位于肾脏或输尿管的结石十分细小，直径少于三至四毫米，甚至可以考虑“药物排石治疗”。简单来说，就是以药物令输尿管轻微扩张，然后多喝开水，好让碎石可以自然被冲刷和排出。服药后，必须小心监察。如果过了一段时间后，结石仍未排走，就应考虑其他的治疗方案。
