前文提到三招破解尿路结石的方法：药物排石治疗、体外冲击波和输尿管镜激光碎石。而针对体积较大、结构较复杂的结石，又或是病况较复杂的个案，可以考虑其他的微创治疗方法，新科技和技术令病人的安全性进一步提高。
如果病人的结石过大，又或是属于“鹿角石”，就可能需考虑“经皮肤肾穿刺碎石”。鹿角石指形似鹿角的结石，即是含有亚摩尼亚的大型结石。其形成源于肾脏感染，大量细菌结成结石的核心，令亚摩尼亚离子积聚，慢慢长成完整的结石，所以又称为“感染结石”。情况严重时，它甚至可以塞满肾脏内的通道。由于体积较大，如果使用体外冲击波来治疗，往往无法一次完全击碎，而且击碎后的碎片有可能堵塞尿道，令病情更加复杂，而其位置亦未必适合以输尿管激光来治疗。
经皮肤肾穿刺碎石又称为“经皮肾造瘘取石术”，医生需要利用X光来定位碎石，然后在病人的腰间穿刺，制造一条经皮肤直达肾脏的通道。接着伸入内视镜，令碎石仪器在内视镜的引导下直接击碎碎石，再利用这管道将大部份碎片直接取出。它属于大型手术，优点是可以一次过清除体积极大的肾脏结石，缺点是需要穿刺肾脏，有潜在术中流血的风险。不过，现时使用的微创技术已将风险降至最低。
如果结石已大于三厘米，或是病情已演变得较复杂（例如双侧肾水肿的患者），又或因各种原因不能以体外冲击波、输尿管镜激光或经皮肾穿刺方式来治疗，就可能需要使用“腹腔镜微创输尿管取石”。即于前腹或后腹开数个小孔，然后伸入腹腔镜，切开输尿管，直接将肾石完整取出。相较之前讲述的微创治疗，它可以替代部份开放手术治疗，比传统手术又有出血较少、住院时间较短、康复期较快的优点。
最新的技术还可以利用达文西机械臂来进行。达文西机械臂的手术原理与微创手术相差无几，但其3D立体高清系统能提供更清晰和准确的影像，医生以机械臂操作手术器械可以令动作更精准和精细，优化了手术的治疗效果，并提高病人安全性。
如果第一至五招的药物及微创方法都不成功，就可能需要传统智慧的帮助，即以开放式手术来取出结石。相较于微创治疗，它流血较多、痛楚较强、康复期较长，但由于源用多年，有着丰富的经验，是治疗尿路结石的最后防线。
