前文提到三招破解尿路結石的方法：藥物排石治療、體外衝擊波和輸尿管鏡激光碎石。而針對體積較大、結構較複雜的結石，又或是病況較複雜的個案，可以考慮其他的微創治療方法，新科技和技術令病人的安全性進一步提高。
如果病人的結石過大，又或是屬於「鹿角石」，就可能需考慮「經皮膚腎穿刺碎石」。鹿角石指形似鹿角的結石，即是含有亞摩尼亞的大型結石。其形成源於腎臟感染，大量細菌結成結石的核心，令亞摩尼亞離子積聚，慢慢長成完整的結石，所以又稱為「感染結石」。情況嚴重時，它甚至可以塞滿腎臟內的通道。由於體積較大，如果使用體外衝擊波來治療，往往無法一次完全擊碎，而且擊碎後的碎片有可能堵塞尿道，令病情更加複雜，而其位置亦未必適合以輸尿管激光來治療。
經皮膚腎穿刺碎石又稱為「經皮腎造瘻取石術」，醫生需要利用X光來定位碎石，然後在病人的腰間穿刺，製造一條經皮膚直達腎臟的通道。接着伸入內視鏡，令碎石儀器在內視鏡的引導下直接擊碎碎石，再利用這管道將大部份碎片直接取出。它屬於大型手術，優點是可以一次過清除體積極大的腎臟結石，缺點是需要穿刺腎臟，有潛在術中流血的風險。不過，現時使用的微創技術已將風險降至最低。
如果結石已大於三厘米，或是病情已演變得較複雜（例如雙側腎水腫的患者），又或因各種原因不能以體外衝擊波、輸尿管鏡激光或經皮腎穿刺方式來治療，就可能需要使用「腹腔鏡微創輸尿管取石」。即於前腹或後腹開數個小孔，然後伸入腹腔鏡，切開輸尿管，直接將腎石完整取出。相較之前講述的微創治療，它可以替代部份開放手術治療，比傳統手術又有出血較少、住院時間較短、康復期較快的優點。
最新的技術還可以利用達文西機械臂來進行。達文西機械臂的手術原理與微創手術相差無幾，但其3D立體高清系統能提供更清晰和準確的影像，醫生以機械臂操作手術器械可以令動作更精準和精細，優化了手術的治療效果，並提高病人安全性。
如果第一至五招的藥物及微創方法都不成功，就可能需要傳統智慧的幫助，即以開放式手術來取出結石。相較於微創治療，它流血較多、痛楚較強、康復期較長，但由於源用多年，有着豐富的經驗，是治療尿路結石的最後防線。
